云南司法警官职业学院内设机构分为党政管理部门和教学科研机构。党政管理部门设7个内设机构（副处级）和政治部、工会、团委；教学科研机构设9个内设机构（副处级）。
（一）党政管理部门
1.办公室
负责制定学院年度工作计划，负责学院办公会决定事项和重大政务活动的组织实施、督办检查；负责学院文秘、文书档案、信访、保密等工作；负责接待、学院外事工作；负责车辆的管理使用；协调学院同周边单位的关系。
2.纪委（监察审计处）
负责学院纪律检查、党风廉政建设和监察工作，制定相关制度并组织实施；开展廉洁从政教育；受理检举、控告和申诉；查处违法违纪案件；负责内部审计工作。
3.教务处
负责学院教学工作的组织、实施、协调等工作；负责制定和完善各项教学规章制度，督促检查教学进程、教学质量，做好教学评估、督导工作；负责学院考务、学生成绩管理、教师教学工作量核定等工作；负责制定并组织实施教育教学改革方案、教学质量工程．指导各系部专业设置并抓好落实。
4.学生工作处
负责学生思想政治教育等工作；制定落实学生工作计划和管理规章制度；贯彻落实《学员警务化管理条令》；负责经济困难学生资助体系的建设和管理，组织实施学生奖学金、助学金、助学贷款、学生奖惩等工作；负责全院学生工作的指导、检查、评估；负责做好招生及就业指导等工作。
学生工作处下设8个学生大队（正科级）
5.行政后勤处
负责建设项目的规划、立项申报等工作；负责学院固定资产的统计、土地管理、资产评估等工作；负责学院房屋、水电、教学用具的管理维修及校园环境的绿化工作；负责学院行政后勤管理等工作；负责师生疾病防控、治疗及医疗保险工作。
6.财务处
负责学院经费预算、决算等管理工作；分析学院财务收支和经费预算执行情况，定期编制财务报告；负责学院国有资产管理、政府采购、住房公积金管理等工作。
7.保卫处
负责学院安全保卫工作及民事纠纷的调解；负责警用装备物资配置；协同有关部门做好社会治安综合治理等工作并及时处置突发事件：负责师生的普法教育和户籍管理工作。
8.政治部
负责队伍建设，按干管权限选拔任免干部；负责学院党组织建设；负责机构编制、人事警务、科技干部管理和宣传、教育培训、警务督察、劳动工资、离退休人员管理等工作。
政治部下设组织干部科、人事警务科、宣传教育科3个机构（正科级）。
9.工会 负责职工代表大会工作；组织开展群众性文体活动；负责扶贫助困、计划生育、医疗互助和女职工等工作。
10.团委 做好团员、青年的思想政治教育等管理工怍，积极开展校园文化活动，做好青年师生的组织发展和队伍建设，向党组织推荐入党积极分子，充分发挥团组织助手作用；指导学生社团工作。
（二）教学科研机构
1.警官培训处(成人教育处)
负责做好上级部门下达的各项党政业务培训管理等工作；负责在校学生继续教育和职业资格培训，并做好在职警察职业资格培训工作。
2.现代教育技术中心
负责学院信息化工作的规划、管理维护和建设等工作；负责现代教育技术的应用推广和通讯管理等工作；承担学院各项活动的摄录像、专题片制作等工作。
3.科研处
负责高等教育政策研究；负责组织制订全院教育科学研究规划，提出研究课题；负责学术委员会的业务工作，做好院刊(报)的编辑，会同教务处收集学院教育质量信息反馈工作；负责院内外学术交流工作，协调做好监狱、强戒工作理论研究，推进成果转化；负责监狱学会组织的信息调研。
4.刑事司法系
负责刑事执行、行政执行、罪犯心理测量与矫正技术等专业的教学教研工作；负责制定人才培养方案、学科教学大纲，检查教学工作进度；负责落实教育教学改革方案，抓好教学质量工程；会同教务处做好出题、阅卷、成绩录入等工作；协同学院教学督导人员开展本系教学的监督、检查、评比等工作。
5.司法技术系
负责刑事侦查技术、涉毒人员矫治、司法信息安全、安全防范技术等专业的教学教研工作；负责制定人才培养方案、学科教学大纲，检查教学工作进度；负责落实教育教学改革方案，抓好教学质量工程；会同教务处做好出题、阅卷、成绩录入等工作；协同学院教学督导人员开展本系教学的监督、检查、评比等工作。
6.应用法律系
负责法律事务、司法警务等专业的教学教研工作；负责制定人才培养方案、学科教学大纲，检查教学工作进度；负责落实教育教学改革方案，抓好教学质量工程；会同教务处做好出题、阅卷、成绩录入等工作；协同学院教学督导人员开展本系教学的监督、检查、评比等工作。
7．应用外语系
负责应用泰国语、应用缅甸语等专业的教学及大学英语教学教研工作；负责制定人才培养方案、学科教学大纲，检查教学工作进度；负责落实教育教学改革方案，抓好教学质量工程；会同教务处做好出题、阅卷、成绩录入等工作；协同学院教学督导人员开展本系教学的监督、检查、评比等工作。
8.思想政治理论部
负责承担全院的思想政治理论课的教学；负责开展马克思主义理论和思想政治教育方面的科学研究；负责配合学院专职思想政治工作队伍做好学生思想政治教育工作；负责承担全院的普通体育、警察体育课的教学和在职警察警体实战技能培训；负责开展警察体育和警体实战技能方面的科学研究；负责承担计算机基础、普通话等基础课教学及组织学生参加云南省高校计算机等级考试和普通话等级考核测试工作。
9.图书馆
负责做好国内外书报、刊物、文献资料采集工作；负责购置教学科研图书资料、报刊杂志及电子出版物；负责定期做好图书资料的典藏、咨询、导读和借阅工作；推进电子图书资源在全省监狱系统实现资源共享。